Was meinst du mit Anwendung?
Wir sprechen hier von Layer2 Tunneln.
Auf Layer 1 (Phy), Layer 2 (Ethernet), Layer 3 (IP) können Daten verloren gehen oder in falscher Reihenfolge ankommen. Völlig normal.
Eine Anwendung setzt typischerweise auf Layer 4…6 auf - je nachdem ob sie sich halt selbst kümmern will oder nicht.
Daran ändert der Tunnel garnichts. Schlimmer: Wenn der Tunnel selbst sich um Reihenfolge und Reliably Delivery kümmern würde, dann erfordert dies ja ein entsprechendes Protokoll und dies hätte einen ziemlichen overhead. Effektiv würde dieselbe Sache (reliable delivery) auf mehreren Layern passieren was typischerweise zu einem bescheidenen Ergebnis führt.
Gutes Protokolldesign: Tue eine Sache und tue diese gut.
Aufgaben eines Layer 2 Tunnel: Nehme Pakete von A und transportiere sie verkapselt nach B wo er diese wieder in ein Netz spuckt.