AC Mesh auf Freifunk flashen?

Genau. Das Factory/Sysupgrade-Konzept ist da nicht erforderlich, wo die Geräte ab Werk schon mit einer Art OpenWRT kommen.

Kann der ac Mash nach dem Flash den noch im Unifi Controller eingebunden werden ?

Nein das geht leider nicht, er lässt sich dann per SSH verwalten.